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Dès la parution du fameux Prospectus de lancement, les ennuis commencent pour l'Encyclopédie. A l'origine de la polémique l'Arbre des connaissances humaines emprunté à Francis Bacon qui, critiquant ouvertement leur enseignement, provoque les foudres des Jésuites. Dès lors, l'Encyclopédie n'eut plus aucun répit s'attirant, dès qu'elle abordait un point sensible, la censure ou les injures.
Les rédacteurs étaient donc pris pour cible et avec l'abbé De Prades ont eu droit à un nouveau rebondissement. Fidèle collaborateur de l'Encyclopédie, le soutien de sa thèse de doctorat Quel est celui sur la force duquel Dieu a répandu le souffle de la vie ? posa un problème aux Jésuites
qui y voyaient, encore, des propositions anti-chrétiennes. Puis un arrêt du Conseil du roi interdira et condamnera les deux premiers tomes déjà parus. Les choses rentrèrent dans l'ordre grâce à l'appui de Malesherbes et la publication reprendra.
Nouveau scandale avec Helvétius et son traité De l'Esprit. En découle l'ordre du roi de détruire les sept volumes de l'Encyclopédie. Les manuscrits conservés par Diderot sont saisis, les autres cachés chez Malesherbes sont sauvés. Diderot refuse de s'exiler et poursuit clandestinement ses travaux. Un grand nombre de ses collaborateurs le laisse tomber. Il faudra attendre très longtemps pour que les dix derniers volumes soient imprimés secrètement. Diderot mettra au point les derniers volumes de planches qui seront publiés de 1767 à 1772.
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